En 1814-1815 se déroula à Vienne le Congrès des vainqueurs opposés à Napoléon. La France avait été ramenée à ses frontières de 1792. L’ancien Evêché de Bâle - et avec lui le Jura - se trouva devenu région avec plus aucun gouvernement, sur l’écheveau de la diplomatie. Le Congrès céda le Jura et Bienne à la Berne toujours puissante - ce qui avait valeur de consolation après la perte des territoires sujets de Vaud et d’Argovie.

En 1815 le Grand Conseil défendit aux nouveaux territoires d’accéder à une autonomie partielle. Peu de temps après, on en arriva à des soulèvements autonomistes - pour des raisons politiques, économiques et religieuses - et plus tard surtout pour des questions linguistiques. Berne continuait d’envoyer des troupes d’occupation dans le Jura. Durant la période du «Kulturkampf», le directeur des Cultes du canton de Berne licencia presque l’ensemble des prêtres.

Le 9 septembre 1947, le Parlement cantonal bernois refusa au membre du Conseil exécutif Georges Moeckli, du PS, la fonction de chef des Travaux publics - lors de la répartition des directions administratives - et pour des raisons linguistiques! Le «cas Moeckli» fournit l’étincelle décisive dans le tonneau de poudre que constituait le Jura bernois. Dès lors commença une vague ininterrompue de protestations, qui devait conduire finalement à la création du canton.

Dès 1948 s’était formé à Moutier un Comité pour la défense des droits du Jura. Parallèlement à cela se créa le Rassemblement jurassien; de jeunes séparatistes s’étaient rassemblés dans le Groupe Bélier. On en arriva finalement à des attentats terroristes d’un groupuscule secret le FLJ (Front de libération jurassien), dont deux membres, après avoir été faits prisonniers, se réfugièrent à l’étranger (et y obtinrent l’asile politique!).

En 1968, afin de «protéger la propriété confédérale», on équipa, sur requête bernoise, un régiment d’infanterie pendant le cours de répétition, avec des balles de guerre. Des officiers jurassiens protestèrent, de nombreux membres jurassiens de l’armée refusèrent le service militaire, «par patriotisme». Des Jurassiens fidèles à Berne formaient, parallèlement aux organisations séparatistes, leurs propres groupements: on en arriva à des affrontements sanglants, au cours desquels la police soutint momentanément les militants probernois. Une commission de bons services, sous la présidence de l’ancien conseiller fédéral Max Petitpierre, proposa à nouveau une autonomie partielle. Berne refusa encore. On en arriva au plébiscite.

Et en 1974, on parvint au résultat surprenant de toutes parts, de 36 802 oui, contre 34 057 non, pour l’ensemble de la région votant; mais cependant d’autres consultations suivirent.

En 1979, le nouveau canton devint une réalité. Il n’englobait que les trois districts du nord, soit Delémont, Porrentruy et les Franches-Montagnes.