Avant la Révolution de juillet à Paris (1830) déjà, Xavier Stockmar était proche des courants démocratiques et libéraux. C’est ainsi que vers la fin des années 1820 il composa la "Rauracienne", chant qui célèbre la patrie jurassienne et appelle les citoyens à l’unité et à la lutte pour la liberté. Bien que le texte ne parle à aucun moment d’une séparation de l’ancien canton de Berne, ce chant est devenu l’hymne des séparatistes. En 1830, lorsque le mouvement révolutionnaire commence à s’implanter en Suisse, Xavier Stockmar prend la tête des libéraux jurassiens. Pendant les événements, sa ville natale de Porrentruy est occupée par l’armée et sa tête est mise à prix.

Après la chute du gouvernement, il est élu à la Constituante et plus tard au Grand Conseil. C’est aux actions entreprises par son ancien ami Charles Neuhaus qu’il doit d’être évincé du Conseil d’Etat en 1839, Conseil auquel il appartenait depuis 1836. On le soupçonnait de vouloir séparer le Jura de Berne. En 1846, il est pour la deuxième fois élu à la Constituante et entre à nouveau au Conseil d’Etat la même année.

Dans notre région, Xavier Stockmar est aussi connu grâce au rôle qu’il a joué dans les chemins de fer du Jura. C’est sous sa présidence que le "Comité central pour les chemins de fer du Jura " a envisagé la construction d’un vaste réseau ferroviaire.